Precise – геномно тестване на женски животни II част

0
В предишната ни статия Ви представихме най-мащабната програма за генотипиране на женски животни Precise –основаща се на идентифициране на SNPs (полиморфизъм на единичен нуклеотид) или маркери и използването на родословието им. Ако има в наличност индивидуални данни за продуктивност, може да бъде направена прогнозна оценка на PTA (прогнозни предавателни способности) на отделните животни с висока надеждност. Днес ще Ви запознаем практически с манипулациите по вземане и изпращаме на ДНК пробите за анализ.

Как да вземем ДНК проба за геномен тест?

Карта за космена проба:

На първо място пробите трябва да бъдат правени една по една и за предпочитане от едно лице. Между вземане на отделните проби трябва да се сигурни, че инструментите за вземане (ръцете или инструмента за отскубване) са чисти и свободни от ДНК, на което и да е друго животно.
  • Издърпайте 60-80 косъма от корена на опашката, не забравяйте – луковицата трябва да е видима и прикрепена;
  • Махнете пластмасовото покритие от вътреш-ността на картата;
  • Вкарайте края на фоликула (луковицата) на косъма;
  • Запечатайте с пластмасово капаче и отрежете излишния косъм;
  • Сложете етикет на всяка карта с идент. / рег. № на животното и го запишете в ”Геномния файл за подаване” (Genomic Submission File) (колоната е озаглавена ID);
  • Поставете картата в малка найлонова торбичка и я запечатайте.

За тъканни проби (Tissue Sample Unit):

  • Взема се парче тъкан от ухо на животното;
  • Поставете в стерилен найлонов плик;
  • Запишете идент./рег. № на животното в ”Геномния файл за подаване” (Genomic Submission File);

Необходими данни за обработка на пробата

Формат 1 данни за генотипа (Genotype Data)

Тези данни се изискват, за да се подаде пробата в лабораторията.

     Пол, Порода, Страна, Идент. №  (официален уникален № за страната), Име, Код за многократност на отелванията, Рег. № за породата на бащата за страната, Рег. № за породата на майката за страната (моля, ако има информация за майката, напишете я), Ид. № на пробата

 Вътрешна обработка на данни:

 Лабораторията има нужда от тези данни, за да обработи пробите и да върне данните на правилния собственик.

 Собственик име, адрес, електронна поща, ако има  Тест чип на геномния тип (Genomic Type Test Chip)

 Тип на изискваната геномна оценка искания:

Официален геномна оценка на развъдната стойност (O)                                      Вътрешна геномна стойност (I)                                                                Произход само (P)

Проба Тип:

Косми (H)                                                                                                               Тъкан (Т)

Изпращане на пробите по пощата

 Опаковайте пробите в аероплик или добре запечатана кутия

Използвайте експресна услуга за изпращане на пробите: За улеснение на собствениците може да се напише номер за проследяване върху плика или кутията за сигурност на доставката.

Виж Приложение II за срокове за получаване на геномна стойност.

Приблизително време за обработка на пробите

 Когато всички изисквани данни са доставени и животното получи практически приложим генотип, се изработва геномна стойност в рамите на 6 – 10 седмици, в зависимост от датата на получаване на пробата. Етапите на обработка  са подробно представени от г-н Тодор Арбов в статията „Революция- геномна оценка- не е никак сложно“/06.10.2016 в говедовъд.ею.

При обработка на пробите са възможни следните критични моменти, които могат да доведат до забавяние при получаване на геномната стойност.

  • Преди постъпване в лабораторията:
  • Липса на Формат 1 за генотипни данни
  • Липса на вътрешни обработващи данни на CRI
  • Липса на идент. № на данните или пробата
  • След постъпване в лабораторията:
  • Качество на пробата: недостатъчна ДНК в пробата; замърсена проба.
  • Повторения: пробата трябва да се повтори от първоначалната проба в лабораторията за срока за генотипиране през следващия месец.
  • Повтаряне на вземането на проба: трябва да бъде взета нова проба и доставена в лабораторията.
  • След като е определен генотипа:
  • Несъответствие с педигрето: Бащата или майката по педигре не са същите, както по генотип, което изисква корекции в педигрето.
  • Несъответствие с пола: Подаденият пол не е същият като този по генотип, което изисква корекции в педигрето.
  • Дублиране на генотип: Подадената проба е с генотип, напълно съответстващ на друго животно с различен идент.№. При това е необходимо да се определи дали животните са идентични близнаци или клонинги при ембриотрансфер и да се коригира в Кода за многократност на отелванията. Или да се определи дали двете проби са взети от едно и също животно.
  • Породно несъответствие: Подадената проба е с генотип, отговарящ на порода различна от подадените данни за породата и трябва да се нанесат корекции в породните идентификационни данни за животното. Не може да се каже дали животното ще получи геномни резултати.
  • Полова хромозома по-голяма от две хромозоми: Ако животното е триплоид, не може да получи геномна оценка.
  • Как се отчитат резултатите за геномната стойност:

Резултатите за геномната стойност ще бъдат изпратени по мейла на собственика

Цени и плащане

Препоръчителна цена за геномен тест: $60                                                        Тази цена включва следните разходи за:

  • Генотипиране;
  • Съвети към развъдниците на млечни говеда;
  • Администрация;
  • Повтаряне на тестове.

Лабораторията осигурява разрешителното за внос, което трябва да придружава преноса на ДНК проби.

Изпращача се смята за отговорен за следните разходи:

  • Експедиране и опаковане;
  • Всякакви изследвания, изисквани за ДНК, проби влизащи страната на приемната лаборатория.

Проби страни засегнати от шап (виж списъка по-долу) трябва да има една от следните обработки преди вноса:

а. топлинна обработка при минимум 72 градуса по Целзий в продължение на най-малко 30 минути, или
b. рН 5.5 или по-малко в продължение на минимум 30 минути или
c. рН 10 или по-голямо в продължение на минимум 2 часа, или
d. потапяне в минимално количество 0,4% бета propriolactone/12 часа / 4
градуса по Целзий / рН 7 или
e. потапяне в минимално количество 0.2% глутаралдехид , или
f. потапяне в минимум 10% формалин , или
g. третиране с протеиназа К, последвано от топлинна обработка при 95 градуса
Целзий за 15 минути, последвано от RNase

Взето ветеринарно разрешение за внос и превоз на контролирани материали, организми и вектори.

Интерпретиране на резултатите

GPTA е оценка на генетичната стойност, изчислявана от:

  1. Информацията от генотипи или прибавени генотипи от ДНК анализи на предците за функционални гени, наследявани от дадено животно;
  2. Индивидуалната изява;
  3. Информацията от педигрето.

Надеждността се изразява като процент от нула до 99, като стойностите близки до 99 показват висока надеждност. Колкото по-висока е надеждността, по-малка е вероятността фенотипните характеристики на животно да се различават от геномно предвидените качества.

Здравни признаци

√ LNM$: Lifetime Net Merit $ измерва очакваната пожизнена печалба в сравнение с базовите крави за породата, родени през 2014 година.

Признаци и теглата в LNM$ индекс:

– Продуктивност 35%
– Продуктивен живот 22%
– Соматични клетки -10%
– Степен на възпроизводство на дъщерите 11%
– Лекота на отелване 2%
– Мъртвородени 3%
– Постановка на вимето 7%
– Постановка на копита и крака 4%
– Обща постановка -6%

√ $ CM: Cheese Merit $ е предназначена за производители, които продават мляко за пазара на сирене. Протеинът има по-голяма стойност в пазара на сирене, отколкото в стандартния компонентен начин на ценообразуване.  Млякото получава отрицателна икономическа тежест в CM $ индекса. CM $ индекса включва същите признаци като LNM $ индекса.

√ FM $: Fluid Merit $ комбинира същите признаци като на LNM $ с различни тегла. Този индекс е полезен за типично млечните ферми, като по-голям акцент се поставя на млеконадоя.

√ DPR: Daughter Pregnancy Rate дава изражение на това, колко бързо кравите се заплождат отново след отелване и се определя като процент от не-бременните крави, които се заплождат по време на всеки 21-дневен период. Всяко увеличение от 1% в PTA DPR се равнява на намаление от 4 дни в сервиз периода.

√ PL: Мярка за продължителност на използване, измерен в месеците, когато кравата лактира, отнесено към средното за породата.

√ SCS: критерий за устойчивост на мастит, като животни с ниска PTA за SCS (по-малко от 3.0) се очаква да имат по-малко мастити от животни с високо PTA за SCS (по-голяма от 3.0).

Продуктивни признаци

√ Мляко: Гентичната разлика в общите килограми мляко, произведено по време на 305-дневна лактация.

 √ FAT%: Генетичната Разлика в % съдържание на млечни мазнини в млякото.

 √ FAT #: Генетичната разлика в килограми на млечни мазнини, получени по време на 305-дневния лактация.

 √ PRO%: Генетичната разлика в % на протеин в млякото.

√  PRO #: Генетичната разлика в килограми на млечни протеини, получени по време на 305-дневна лактация.

Признаци, свързани с отелването

√  SCE: Лекота на отелване на телета – това е генетичната способност на разплодните бичета да се раждат лесно и се изразява като % от Оценката за трудни раждания при юници (EDBH). 7% или по-малко може да намалява стреса от отелването при юници.

 √ DCE: Лекота на отелване на дъщерите – е генетичната способност на женско теле (дъщеря) да се отели лесно и е процентно изражение на Оценката за трудни раждания при юници (EDBH). 7% или по-малко може да намалява стреса от отелването при юници.

√  SSB: Мъртвородени телета – генетичната тенденция телета за разплод да се раждат мъртви и изразен като % на мъртвородените, а за такива се смятат освен родените мъртви и тези които умират до 48 ч след отелване.

√ DSB: Мъртвородени дъщери – генетичната тенденция кравите да дават мъртвородени телета и изразен като % на мъртвородените, а за такива се смятат освен родените мъртви и тези които умират до 48 ч след отелване.

Признаци свързани със заплождането

√ HCR: Заплодяемост на юниците – определя се като процент на бременните юници от осеменените при всяко ИО; HCR =1 предполага, че животните са с 1% по-голяма вероятност да забременеят от тези с 0.

 √ CCR: Заплодяемост на кравите – способността на лактиращата крава да забременее, като процент на осеменени крави, които са заплодени при всяко осеменяване. Заплодяемост на кравите за единица, предполага, че животните са 1% по-податливи да забременеят през текущата лактация, отколкото животни с коефициент 0.

Типове признаци:

 √ GPTAT: GPTA тип е оценка на генетичното превъзходство за отвърждаване, че животното ще го предава на поколението си.

Инбрийдинг:

√  GIB: Геномен индивидуален инбрийдинг –  мери фактическата хомозиготност и процент гени с връзка помежду им, а не прогнозни части на индивидуален инбриидинг по педигре.Стойности близки до 0 са желателни.

 √ GFI: Геномен бъдещ инбрийдинг – бъдещи приплоди на базата на ДНК тестове на родителската хомозиготност и процент общи гени за популяцията.

Хаплотипове:

Холнщайн:

  • HH1: Първи ХФГ хаплотип влияещ на плодовитостта;
  • HH2: Втори ХФГ хаплотип влияещ на плодовитосттa;
  • HH3: Трети ХФГ хаплотип влияещ на плодовитостта;
  • HH4: Четвърти ХФГ хаплотип влияещ на плодовитостта;
  • HH5: Пети ХФГ хаплотип, влияещ на плодовитостта;
  • HH0: ХФГ хаплотип за брахиспина;
  • HHB: ХФГ хаплотип за говежда левкоцитна недостатъчност (BLAD);
  • HHC: ХФГ хаплотип за кардио-васкуларно заболяване (CVM);
  • HHD: ХФГ хаплотип за уридин монофосфат синтезна недостатъчност (DUMPS);
  • HHM: ХФГ хаплотип за синдактилия (MuleFoot);
  • HHP: ХФГ хаплотип за безроговост (Polled Mutation);
  • HHR: ХФГ хаплотип за червено-шарена мутация (Red Mutation).

Джерси:

  • JH1: Джерси хаплотип, влияещ на плодовитостта

 Швейцарско Кафяво:

  • BH1: Първи хаплотип на Швейцарското кафяво, влияещ на плодовитостта;
  • BH2: Втори хаплотип на Швейцарското кафяво, влияещ на мъртвородените;
  • BHW: хаплотип на Швейцарското кафяво за синдрома на Уивър;
  • BHD: хаплотип на швейцарското кафяво за SDM;
  • BHM: хаплотип на швейцарското кафяво за SMA ;

Чип:  тип на чипа използван за запис на генотипа.

G RELEASE: дата на геномното отделяне.

Необходима информация в зелено
Пол
Порода
Страна
Идентификационен номер
Индентификационен номер на пробата
Име
Дата на раждане
Код на раждане
Порода на бащата
Страна на бащата
Идентификационен номер на бащата
Име на бащата
Порода на майката
Страна на майката
Идентификационен номер на майката
Име на майката
Тип на чипа
Геномна оценка
Тип на пробата
Препоръчителна информация в бяло
дата на раждане на майката
код на раждане на майката
порода на дядото по М.Л.
страна на дядото по М.Л.
индентификационен номер на дядото по М.Л.
име
порода на бабата по М.Л.
страна на бабата по М.Л.
номер на бабата
име на бабата
номер по ушна марка
Автор: зооинж. Здравко Иванов
Автор: зооинж. Здравко Иванов

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ОСТАВИ КОМЕНТАР